Hlavním zdrojem financování centra CEITEC je Evropský fond pro regionální rozvoj, z něhož se čerpá prostřednictvím Operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace, prioritní osa č. 1 – Evropská centra excelence, který řídí Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR.
Celkový rozpočet centra je 5,246 mld. Kč, z toho výše příspěvku EU činí 4 459 100 000 Kč, příspěvek státního rozpočtu je 786 900 000 Kč.
Registrační číslo projektu: CZ.1.05/1.1.00/02.0068
