Kalendář akcí

Najděte si nejbližší konference nebo workshop ...

Centrální laboratoř Interakce a krystalizace biomolekul

PŘÍSTUP DO REZERVAČNÍHO SYSTÉMU pro registrované uživatele (pro REGISTRACI klikněte ZDE)

Core Facility Lidé Publikace Projekty Vybavení Služby Vybavení partnerů

Telefon:	+420 54949 3805, +420 54949 8166
E-mail:
Kancelář:	Kamenice 753/5, Brno, 625 00

Oficiální Email: bic@ceitec.muni.cz

Hlavní činnost

Sdílená laboratoř poskytuje služby umožňující strukturní charakterizaci biomolekul a studium (bio)molekulárních interakcí v reálném čase především pomocí metod založených na biosenzorech a kalorimetrii. Přístrojové vybavení laboratoře umožňuje studium podmínek pro krystalizaci biomolekul a jejich komplexů, základní charakterizaci biofyzikálních vlastností molekul (analytická ultracentrifugace, dynamický rozptyl světla, CD spektroskopie, diferenciální skenovací kalorimetrie) a studium termodynamiky a/nebo kinetiky vzájemných interakcí (isotermická titrační kalorimetrie, resonance povrchového plasmonu, CD spektroskopie, analytická ultracentrifugace).

Unikátní možnosti

Nasazení screeningových krystalizačních misek (96-ti jamkové UVP misky se třemi pozicemi sedící kapky pro jednu podmínku) pomocí komerčně dostupných kitů (až 13 tisíc podmínek)
Automatická kontrola všech krystalizačních kapek vzdálený přístup k výsledkům pro uživatele
UV zobrazování pro odlišení proteinů od solí
Nasazení optimalizačních krystalizačních misek (24 jamkové, 96-ti jamkové) příprava vícerozměrných gradientů z až 5-ti různých roztoků)
Stanovení fázového diagramu precipitace proteinů
Příprava krystalů pro určení struktury pomocí rentgenové difrakce
Zlepšování kvality krystalů pro strukturní studie
Isotermická titrační mikrokalorimetrie
Diferenciální skenovací kalorimetrie
Resonance povrchového plasmonu
Analýza velikosti částic
Analytická ultracentrifugace
Cirkulární dichroismus, měření fluorescence

Základní přístrojové vybavení

Sdílená laboratoř je součástí českého národního přidruženého centra INSTRUCT a členem celoevropského sdružení ARBRE (Association of Resources for Biophysical Research in Europe)

Všechny sdílené laboratoře CEITEC jsou k dispozici externím uživatelům (z akademického prostředí i z firem). Čeští i zahraniční výzkumníci z univerzit a výzkumných institucí, kteří mají zájem o získání přístupu do sdílených laboratoří, mohou využít podpory z výzkumné infrastruktury CIISB, financované Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy ČR.

msmt

seznam / vizitky

Jméno a pozice	E-mail	Telefon
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. docentka, manažerka pro koordinaci a správu projektů, vedoucí pracoviště		+420 54949 3805, +420 54949 8166
Mgr. Eva Dubská odborná pracovnice		+420 54949 2527
Mgr. Josef Houser, Ph.D. odborný pracovník ve výzkumu		+420 54949 2527
Mgr. Jan Komárek odborný pracovník - PhD student		+420 54949 6011
Mgr. Jana Kosourová odborná pracovnice		+420 54949 8201, +420 54949 8314
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. odborná pracovnice ve výzkumu		+420 54949 7646, +420 54949 2527
Mgr. Marie Pokorná odborná pracovnice		+420 54949 5901
Mgr. Jitka Ždánská odborná pracovnice		+420 54949 2527

VYBRANÉ PUBLIKACE

2017

HOUSER, J; KOZMON, S; MISHRA, D; MISHRA, SK; ROMANO, PR; WIMMEROVA, M; KOCA, J, 2017:Influence of Trp flipping on carbohydrate binding in lectins. An example on Aleuria aurantia lectin AAL. PLOS ONE 12 (12)
JANCARIKOVA, G; HOUSER, J; DOBES, P; DEMO, G; HYRSL, P; WIMMEROVA, M, 2017:Characterization of novel bangle lectin from Photorhabdus asymbiotica with dual sugar-binding specificity and its effect on host immunity. PLOS PATHOGENS 13 (8)

2016

FUJDIAROVA, E; GAJDOS, L; WIMMEROVA, M, 2016:Study of lectins from Photorhabdus luminescens to reveal their function in P. luminescens life cycle. FEBS JOURNAL 283 , p. 152 - 152.
KERR, SC; FISCHER, GJ; SINHA, M; MCCABE, O; PALMER, JM; CHOERA, T; LIM, FY; WIMMEROVA, M; CARRINGTON, SD; YUAN, SP; LOWELL, CA; OSCARSON, S; KELLER, NP; FAHY, JV, 2016:FleA Expression in Aspergillus fumigatus Is Recognized by Fucosylated Structures on Mucins and Macrophages to Prevent Lung Infection. PLOS PATHOGENS 12 (4)
KUMAR, A; SYKOROVA, P; DEMO, G; DOBES, P; HYRSL, P; WIMMEROVA, M, 2016:A Novel Fucose-binding Lectin from Photorhabdus luminescens (PLL) with an Unusual Heptabladed beta-Propeller Tetrameric Structure. JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 291 (48), p. 25032 - 25049.
NORTON, P; COMUNALE, MA; HERRERA, H; WANG, MJ; HOUSER, J; WIMMEROVA, M; ROMANO, PR; MEHTA, A, 2016:Development and application of a novel recombinant Aleuria aurantia lectin with enhanced core fucose binding for identification of glycoprotein biomarkers of hepatocellular carcinoma. PROTEOMICS 16 (24), p. 3126 - 3136.

2015

HOUSER, J; KOMAREK, J; CIOCI, G; VARROT, A; IMBERTY, A; WIMMEROVA, M, 2015:Structural insights into Aspergillus fumigatus lectin specificity: AFL binding sites are functionally non-equivalent. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 71 , p. 442 - 453.
SEHNAL, D; VAREKOVA, RS; PRAVDA, L; IONESCU, CM; GEIDL, S; HORSKY, V; JAISWAL, D; WIMMEROVA, M; KOCA, J, 2015:ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank. NUCLEIC ACIDS RESEARCH 43 (D1), p. D369 - D375.

2014

ADAMOVA, L; MALINOVSKA, L; WIMMEROVA, M, 2014:New Sensitive Detection Method for Lectin Hemagglutination using Microscopy. MICROSCOPY RESEARCH AND TECHNIQUE 77 (10), p. 841 - 849.
DEMO, G; PAPOUSKOVA, V; KOMAREK, J; KADERAVEK, P; OTRUSINOVA, O; SRB, P; RABATINOVA, A; KRASNY, L; ZIDEK, L; SKLENAR, V; WIMMEROVA, M, 2014:X-ray vs. NMR structure of N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase. JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY 187 (2), p. 174 - 186.
KRIZ, Z; ADAM, J; MRAZKOVA, J; ZOTOS, P; CHATZIPAVLOU, T; WIMMEROVA, M; KOCA, J, 2014:Engineering the Pseudomonas aeruginosa II lectin: designing mutants with changed affinity and specificity. JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN 28 (9), p. 951 - 960.
VAREKOVA, RS; JAISWAL, D; SEHNAL, D; IONESCU, CM; GEIDL, S; PRAVDA, L; HORSKY, V; WIMMEROVA, M; KOCA, J, 2014:MotiveValidator: interactive web-based validation of ligand and residue structure in biomolecular complexes. NUCLEIC ACIDS RESEARCH 42 (W1), p. W227 - W233.

2013

DEMO, G; FLIEDROVA, B; WEIGNEROVA, L; WIMMEROVA, M, 2013:Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of recombinant -mannosidase from Aspergillus niger. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS 69 , p. 288 - 291.
HOUSER, J; KOMAREK, J; KOSTLANOVA, N; CIOCI, G; VARROT, A; KERR, SC; LAHMANN, M; BALLOY, V; FAHY, JV; CHIGNARD, M; IMBERTY, A; WIMMEROVA, M, 2013:A Soluble Fucose-Specific Lectin from Aspergillus fumigatus Conidia - Structure, Specificity and Possible Role in Fungal Pathogenicity. PLOS ONE 8 (12)
TVAROSKA, I; KOZMON, S; WIMMEROVA, M; KOCA, J, 2013:A QM/MM Investigation of the Catalytic Mechanism of Metal-Ion-Independent Core 2 beta 1,6-N-Acetylglucosaminyltransferase. CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL 19 (25), p. 8153 - 8162.

2012

AUDFRAY, A; CLAUDINON, J; ABOUNIT, S; RUVOEN-CLOUET, N; LARSON, G; SMITH, DF; WIMMEROVA, M; LE PENDU, J; ROMER, W; VARROT, A; IMBERTY, A, 2012:Fucose-binding Lectin from Opportunistic Pathogen Burkholderia ambifaria Binds to Both Plant and Human Oligosaccharidic Epitopes. JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 287 (6), p. 4335 - 4347.
CECIONI, S; PRALY, JP; MATTHEWS, SE; WIMMEROVA, M; IMBERTY, A; VIDAL, S, 2012:Rational Design and Synthesis of Optimized Glycoclusters for Multivalent Lectin-Carbohydrate Interactions: Influence of the Linker Arm. CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL 18 (20), p. 6250 - 6263.
FROMMEL, J; SOURAL, M; TYLICHOVA, M; KOPECNY, D; DEMO, G; WIMMEROVA, M; SEBELA, M, 2012:Plant aminoaldehyde dehydrogenases oxidize a wide range of nitrogenous heterocyclic aldehydes. AMINO ACIDS 43 (3), p. 1189 - 1202.
HOUSER, J.;J. KOMAREK;N. KOSTLANOVA;G. CIOCI;A. IMBERTY;M. WIMMEROVA., 2012:Protein oligomerization in Aleuria aurantia lectin family - importance and difficulties. Materials Structure in Chemistry 19 , p. 20 - 21.
MARCHETTI, R; MALINOVSKA, L; LAMEIGNERE, E; ADAMOVA, L; DE CASTRO, C; CIOCI, G; STANETTY, C; KOSMA, P; MOLINARO, A; WIMMEROVA, M; IMBERTY, A; SILIPO, A, 2012:Burkholderia cenocepacia lectin A binding to heptoses from the bacterial lipopolysaccharide. GLYCOBIOLOGY 22 (10), p. 1387 - 1398.
MISHRA, S; ADAMOVA, L; ADAM, J; WIMMEROVA, M; KOCA, J, 2012:Comparison of Docking Software to Predict Saccharide Binding to Proteins Combination with In silico Protein Engineering. GLYCOBIOLOGY 22 (11), p. 1648 - 1649.
MISHRA, SK; ADAM, J; WIMMEROVA, M; KOCA, J, 2012:In Silico Mutagenesis and Docking Study of Ralstonia solanacearum RSL Lectin: Performance of Docking Software To Predict Saccharide Binding. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING 52 (5), p. 1250 - 1261.
SEHNAL, D; VAREKOVA, RS; HUBER, HJ; GEIDL, S; IONESCU, CM; WIMMEROVA, M; KOCA, J, 2012:SiteBinder: An Improved Approach for Comparing Multiple Protein Structural Motifs. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING 52 (2), p. 343 - 359.
TVAROSKA, I; KOZMON, S; WIMMEROVA, M; KOCA, J, 2012:Substrate-Assisted Catalytic Mechanism of O-GIcNAc Transferase Discovered by Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Investigation. JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 134 (37), p. 15563 - 15571.
VISACKA, K; HOFR, C; WILLCOX, S; NECASOVA, I; PAVLOUSKOVA, J; SEPSIOVA, R; WIMMEROVA, M; SIMONICOVA, L; NOSEK, J; FAJKUS, J; GRIFFITH, JD; TOMASKA, L, 2012:Synergism of the Two Myb Domains of Tay1 Protein Results in High Affinity Binding to Telomeres. JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 287 (38), p. 32206 - 32215.
WIMMEROVA, M; KOZMON, S; NECASOVA, I; MISHRA, SK; KOMAREK, J; KOCA, J, 2012:Stacking Interactions between Carbohydrate and Protein Quantified by Combination of Theoretical and Experimental Methods. PLOS ONE 7 (10)

2011

CECIONI, S; FAURE, S; DARBOST, U; BONNAMOUR, I; PARROT-LOPEZ, H; ROY, O; TAILLEFUMIER, C; WIMMEROVA, M; PRALY, JP; IMBERTY, A; VIDAL, S, 2011:Selectivity among Two Lectins: Probing the Effect of Topology, Multivalency and Flexibility of "Clicked" Multivalent Glycoclusters. CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL 17 (7), p. 2146 - 2159.
GILBOA-GARBER, N; ZINGER-YOSOVICH, KD; SUDAKEVITZ, D; LERRER, B; IMBERTY, A; WIMMEROVA, M; WU, AM; GARBER, NC, 2011:The Five Bacterial Lectins: PA-II, PA-III, RSL, RS-III and CV-III Interactions with Diverse Animal Cells and Glycoproteins. Advances in Experimental Medicine and Biology 705 , p. 155 - 211.
HAVEL, V; SVEC, J; WIMMEROVA, M; DUSEK, M; POJAROVA, M; SINDELAR, V, 2011:Bambus[n]urils: a New Family of Macrocyclic Anion Receptors. ORGANIC LETTERS 13 (15), p. 4000 - 4003.
REVESZ, A; SCHRODER, D; SVEC, J; WIMMEROVA, M; SINDELAR, V, 2011:Anion Binding by Bambus[6]uril Probed in the Gas Phase and in Solution. JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A 115 (41), p. 11378 - 11386.
SULAK, O; CIOCI, G; LAMEIGNERE, E; BALLOY, V; ROUND, A; GUTSCHE, I; MALINOVSKA, L; CHIGNARD, M; KOSMA, P; AUBERT, DF; MAROLDA, CL; VALVANO, MA; WIMMEROVA, M; IMBERTY, A, 2011:Burkholderia cenocepacia BC2L-C Is a Super Lectin with Dual Specificity and Proinflammatory Activity. PLOS PATHOGENS 7 (9)

2010

KLUMPLER, T; SEDLACEK, V; MAREK, J; WIMMEROVA, M; KUCERA, I, 2010:Crystallization and initial X-ray diffraction studies of the flavoenzyme NAD(P)H:(acceptor) oxidoreductase (FerB) from the soil bacterium Paracoccus denitrificans. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS 66 , p. 431 - 434.
LAMEIGNERE, E; SHIAO, TC; ROY, R; WIMMEROVA, M; DUBREUIL, F; VARROT, A; IMBERTY, A, 2010:Structural basis of the affinity for oligomannosides and analogs displayed by BC2L-A, a Burkholderia cenocepacia soluble lectin. GLYCOBIOLOGY 20 (1), p. 87 - 98.
MISHRA, NK; KRIZ, Z; WIMMEROVA, M; KOCA, J, 2010:Recognition of selected monosaccharides by Pseudomonas aeruginosa Lectin II analyzed by molecular dynamics and free energy calculations. CARBOHYDRATE RESEARCH 345 (10), p. 1432 - 1441.
SULAK, O; CIOCI, G; DELIA, M; LAHMANN, M; VARROT, A; IMBERTY, A; WIMMEROVA, M, 2010:A TNF-like Trimeric Lectin Domain from Burkholdeda cenocepacia with Specificity for Fucosylated Human Histo-Blood Group Antigens. STRUCTURE 18 (1), p. 59 - 72.

2009

HANSEN, SF; BETTLER, E; WIMMEROVA, M; IMBERTY, A; LEROUXEL, O; BRETON, C, 2009:Combination of Several Bioinformatics Approaches for the Identification of New Putative Glycosyltransferases in Arabidopsis. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH 8 (2), p. 743 - 753.
HOFR, C., SULTESOVA, P., ZIMMERMANN, M., MOZGOVA, I., SCHRUMPFOVA, P. P., WIMMEROVA, M., FAJKUS, J.,, 2009:Single-Myb-histone proteins from Arabidopsis thaliana: a quantitative study of telomere-binding specificity and kinetics. BIOCHEMICAL JOURNAL 419 , p. 221 - 228.
CHEMANI, C; IMBERTY, A; DE BENTZMANN, S; PIERRE, M; WIMMEROVA, M; GUERY, BP; FAURE, K, 2009:Role of LecA and LecB Lectins in Pseudomonas aeruginosa-Induced Lung Injury and Effect of Carbohydrate Ligands. INFECTION AND IMMUNITY 77 (5), p. 2065 - 2075.
MATEJKOVA, M; ZIDKOVA, J; ZIDEK, L; WIMMEROVA, M; CHMELIK, J; SKLENAR, V, 2009:Investigation of Thermal Denaturation of Barley Nonspecific Lipid Transfer Protein 1 (ns-LTP1b) by Nuclear Magnetic Resonance and Differential Scanning Calorimetry. JOURNAL OF AGRICULTURAL AND FOOD CHEMISTRY 57 (18), p. 8444 - 8452.
TESARIK, R; SEDLACEK, V; PLOCKOVA, J; WIMMEROVA, M; TURANEK, J; KUCERA, I, 2009:Heterologous expression and molecular characterization of the NAD(P)H:acceptor oxidoreductase (FerB) of Paracoccus denitrificans. PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION 68 (2), p. 233 - 238.
WIMMEROVA, M; MISHRA, NK; POKORNA, M; KOCA, J, 2009:Importance of oligomerisation on Pseudomonas aeruginosa Lectin-II binding affinity. In silico and in vitro mutagenesis. JOURNAL OF MOLECULAR MODELING 15 (6), p. 673 - 679.

PROJEKTY

RIAT-CZ (ATCZ40), Interreg CZ-AT, 2016 - 2018
CIISB4HEALTH - Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii pro lidské zdraví (CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776), MEYS, 2017 - 2021
CIISB - České centrum pro integrativní strukturní biologii (LM2015043), MEYS, 2016 - 2019

Filter

Filtr

Search		Research group / CF
Institution		Technology

Equipment

Research group / CF

Profile card

Interakce a charakterizace biomolekul