Akademická prémie slouží jako nástroj finanční a morální podpory skutečné vědecké excelence a je nejvýznamnějším vědeckým grantem v České republice. Smyslem ocenění, které není udělováno za celoživotní vědecké výsledky a nelze ho obdržet opakovaně, je vytváření podmínek, v nichž by mohly významné badatelské kapacity lépe rozvinout svůj potenciál ve prospěch Akademie věd ČR a celé české vědy.
Finanční prémie do výše 5 milionů Kč ročně zahrnuje po dobu šesti let náklady spojené s výzkumem, pořízením přístrojů a mzdami pro nositele a jeho spolupracovníky. O udělení Akademické prémie rozhoduje předseda AV ČR, jenž si pro tento účel zřizuje poradní komisi složenou z předních domácích i zahraničních odborníků.