Středoevropský technologický institut byl na Masarykově univerzitě založen jako samostatný vysokoškolský ústav v březnu 2009. Zajišťuje realizaci výzkumných aktivit, schvaluje plány vědecké činnosti, spravuje majetek postavený či nakoupený v rámci projektu CEITEC, řídí veřejné zakázky a kompletně zajišťuje organizační provoz. Sídlo ústavu je umístěno v Univerzitním kampusu Bohunice.
Ředitelem Vysokoškolského ústavu je Mgr. Jiří Nantl. LL.M.
Zástupcem ředitele pro vědu a výzkum je Mgr. Karel Říha, Ph.D.
Středoevropský technologický institut Masarykovy univerzity zaměstnává přes 200 vědeckých pracovníků sdružených v
5 výzkumných centrech a 36 výzkumných skupin:
- Centrum strukturní biologie – vedoucí centra a koordinátor výzkumného programu Strukturní biologie doc. Mgr. Richard Štefl, Ph.D.
- Mendlovo centrum genomiky a proteomiky rostlin – vedoucí centra a koordinátor výzkumného programu Genomika a proteomika rostlinných systémů prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
- Centrum molekulární medicíny – vedoucí centra a koordinátorka výzkumného programu Molekulární medicína prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D.
- Centrum neurověd – vedoucí centra a koordinátor výzkumného programu Výzkum mozku a lidské mysli – prof. MUDr. Ivan Rektor, CSc.
- Centrum nano- mikrotechnologií – vedoucí centra prof. RNDr. Josef Humlíček, CSc.
10 sdílených laboratořích:
- Interakce a krystalizace biomolekul
- Centrální laboratoř RTG difrakce a Bio-SAXS
- Centrální laboratoř Nanobiotechnologie
- Národní NMR centrum Josefa Dadoka
- Kryo-elektronová mikroskopie a tomografie
- Centrální laboratoř – Proteomika
- Centrální laboratoř – Genomika
- Laboratoř multimodálního a funkčního zobrazování
- Laboratoř Buněčné zobrazování
- Laboratoř rostlinného výzkumu
Administrativní pracoviště:
- Kancelář ředitele
- Sekce administrativy - Provozní oddělení; Ekonomické oddělení, Oddělení administrace projektů; Prersonální oddělení; Oddělení grantové kanceláře; Oddělení strategie a vědy
- Tajemník
- Vědecký tajemník
